O mestrado desempenha um papel fundamental neste modelo. Sem exclusão da sua saída para a empregabilidade geral, as licenciaturas apontam, desejavelmente, para o prosseguimento de estudos para o mestrado.
No entanto, a UMa não se pode comprometer a fornecer mestrados correspondentes a todas as áreas de concentração das licenciaturas. Isto passará por um processo interno de acreditação, com avaliação de qualidade, dado que a composição e massa crítica de competências varia de departamento para departamento. Será ainda necessário que exista procura suficiente que justifique a abertura de mestrados em todas as áreas o que, enquanto o modelo não estiver consolidado, será pouco provável.
Em alguns casos, pode não haver condições de continuação para o mestrado. A alternativa será a de uma licenciatura de quatro anos, com um último ano de aprofundamento da concentração e com objectivos profissionalizantes. A formação deste último ano deverá ser creditada para efeitos de acesso a um mestrado, ministrado na UMa ou noutra instituição.